La gouvernance du CNCCI est composée d’un Conseil de Gestion, d’une Direction Générale. Le Directeur Général est assisté par un Conseiller Technique, un Secrétaire Administratif, un Comptable et les quatre (04) Directions Techniques suivantes : 

• La Direction de l’Infrastructure Numérique et des Moyens Généraux (DINMG), en charge de l’infrastructure numérique et des moyens généraux avec un bureau d’accès au CNCCI et de la sécurité physique des équipements ;

• La Direction de l’Administration du Calcul, de la Modélisation et de la Formation (DACMF), en charge de la formation et de la gestion du calculateur (temps de calcul, stockage, respect des règles d’utilisation des services de la CNCCI, calculs parallèles, etc.);

• directeur des affaires financières  (DAF), en charge du budget et des marchés ;

• La Direction des Ressources Humaines (DRH), en charge du personnel, des affaires sociales et profils de carrières.

Le Conseil scientifique est un organe consultatif du CNCCI sa mission est de : orienter la politique scientifique et stratégique du CNCCI, définir la politique d’évaluation des activités du centre national de calcul et des pôles de simulations numériques.